Møllehistorisk Samling er en afdeling af Nordjyllands Historiske Museum, der beskæftiger sig med den teknologihistoriske udnyttelse af de vedvarende energikilder vand og vind fra middelalder til i dag. Stamudstillingen "Stærkere end 100 mænd" fortæller om ca. 1000 års møllebyggeri. Til Møllehistorisk Samling hører Havnø Mølle, der er Nordjyllands ældste vindmølle. Den er funktionsdygtigt og kører om sommeren, når der er vind til det. Også Ulsted mølle, der står foran en meget stor restaurering er en del af museet. Møllehistorisk Samling formidler også viden om de danske møller via sin hjemmeside og via applikationen til iPhones "Danske Møller".

Udover udstillingsvirksomhed og anden formidling, forestår afdelingen også forskning, indsamling og dokumentation samt rådgivning af offentlige myndigheder, mølleejere, møllelav, restaureringsarkitekter m.fl. i emner af mølleteknisk og bevaringsmæssig karakter.

Energiproblematikken er et emne, der fylder meget i den moderne samfundsdebat. Møllehistorisk Samlings fornemmeste mission er at tilføje den aktuelle debat en historisk dimension og sætte fokus på de vedvarende energikilder og menneskets udnyttelse af dem i et teknologihistorisk perspektiv. Afdelingen blev indviet i august 2011 med udgivelsen af monografien ”Træk af dansk møllebyggeris historie” og åbningen af stamudstillingen ”Stærkere en 100 mand”.